Nadmierne, często niewłaściwe nawożenie ma negatywny wpływ na środowisko. Azot wypłukiwany z gleby i migrujący do wód gruntowych powoduje wzrost glonów w wodach powierzchniowych i zwiększa poziom azotanów w wodzie pitnej. Niektóre aktywne składniki nawozów fosforowych i potasowych, które nie są pobierane przez rośliny, są również wymywane i migrują wraz z wodami gruntowymi, zanieczyszczając studnie i zbiorniki wodne. Zwiększenie rozpuszczalności wapnia może prowadzić do zakwaszenia gleby, co niekorzystnie wpływa na zawartość mikroskładników odżywczych.